La secuenciación de RNA de célula única (scRNA-seq) es una metodología nueva que analiza el transcriptoma (RNA) de cada célula que compone a un tejido, a un órgano e incluso a un organismo. De esta manera, los científicos podemos conocer cómo se expresan los genes en diferentes poblaciones celulares y así identificar células desconocidas, estudiar la evolución, diversificación y diferenciación de un linaje celular, conocer cómo las células se relacionan entre sí, y comprender cómo cambian ante un daño o una patología.
La scRNA-seq requiere del aislamiento de células individuales vivas para obtener información de calidad del transcriptoma de cada una de ellas. Algunos tejidos son fáciles de disociar mediante agitación mecánica, sin embargo, existen tejidos/órganos complejos como la piel que requieren procesos más elaborados para obtener a las células sin dañarlas.
Por lo anterior, antes de iniciar el análisis de scRNA-seq es importante que realicemos un experimento piloto que nos ayude a optimizar las condiciones necesarias para la preparación de nuestras muestras. En este video les mostramos la técnica que estandarizamos en el laboratorio para la obtención de células vivas de piel de ratón.
Para el análisis de scRNA-seq se requiere obtener una suspensión celular de alta calidad. Por lo tanto, algunos de los parámetros que podemos evaluar en nuestro experimento piloto son:
1. Viabilidad celular, se recomienda evaluar mediante técnicas simples como el conteo manual y el uso de azul tripano. Las viabilidades celulares ideales son aquellas que estén arriba del 90%, pero en los tejidos más difíciles de disociar las viabilidades mayores al 70% son aceptables.
2. El rendimiento celular, según el diseño del experimento será necesario obtener desde 500 mil hasta más de 1 millón de células.
3. Detritos y agregados celulares, mientras menos mejor ya que éstos interfieren en el análisis y la calidad de los datos.
Esperamos que esta información te ayude a elegir las mejores condiciones de preparación de tu muestra, sin olvidar que cada tejido/órgano es distinto.
Compártenos tus TIPS a la hora de preparar células para análisis de scRNA-seq!